由于吴三桂部骑兵颇多，因此战果亦颇丰硕，晋王、宋王、蜀王等不便加以指责，却暗自怀恨在心。
自知决战失败、北京不可守后，在清廷辅政大臣鳌拜、索尼带领下，清军主力从北京退出，迁都盛京，以山海关为防线，意图阻止明军出关。
明军三十万兵抵山海关城下，此时隆武帝却突然重病。失去了隆武帝这块粘合剂后，本就脾气性格各有特点的宋王、晋王立时不和，竟在南京朝堂大打出手，蜀王亦避见世人。吴三桂见势不妙，又与清廷约定共同反明。
隆武十五年，吴三桂再次投清，于山东一带破袭晋王部属，清军亦趁势南下，大败宋王所部，南阳之战战果几乎化为乌有，南明再次缩回徐州一线，与清廷遥相对峙。隆武帝大病久不见好，于是假节钺的晋王与清廷约定停战。^k_a!n¨s\h?u\z￠h¨u-s/h.o,u~.*c′o^m?隆武帝在病榻上痛斥三王不和，以使虏寇有可乘之机。三王在皇帝病榻前痛哭流涕，约为异姓兄弟。隆武帝命人断掉受创臂膀，自此伤势渐好，而他也成为中国历史上唯一一位独臂帝王。
自此后五六年间，隆武帝任用名士吕留良、黄宗羲、王夫之、顾炎武等，称为中兴四名士。隆武帝认为，北明亡国，责任全在皇帝多疑易怒，朝廷纲纪不振，以使能臣不得用、政令不通达、策略不持久，而以黄宗羲所写《明夷待访录》为基干，改革朝廷吏治，设太学为议会，分诸王为屏藩。
因此，在中央，他使晋王、蜀王、宋王三人各假节钺，制衡皇帝；将掌管封驳诏书的六科归并入都察院，提升左右都御史为从一品，为文官之首，开创士人选举至国子监历事，经吏部铨选后分任翰林院、六科十三道职务的先例，被称为亚洲最早的“士人议会”；又任命黄宗羲、吕留良为都察院左右都御史，将翰林院、国子监等纳入都察院管辖下，以实际上作为议会的都察院制衡三王，以吏部制衡都察院。￠v!7`x`s-w′.+c,o?m/
在地方，隆武帝重修《大明律》，以王守仁《南赣乡约》为表重建县乡关系，将巡抚、行省定制化，在省级设左右布政使分领省学左右议院，又在府、县各设左右丞分领左右台、左右曹，为府县派出协理主官治理地方之所，而左右台、左右曹亦有乡里三老、贤贵分列议事。
军事上，隆武帝命令研制和引进欧洲火器如燧发枪和步兵火炮，加强士兵军事训练，颁布镇、协、标、营、汛、队、旗各级编制，又设总兵、副将、参将三级将官军衔，正、副、协参领三级校官军衔和正、副、协军校三级尉官军衔，以副将统帅之“镇”为常设单位，一镇下两协，一协下两标，一标下四营，一营下两汛，一汛下四队，一队下三旗，一旗下五目，一目下正兵十人。一镇计约二万余人。
在经济上，隆武帝重新勘定黄册和鱼鳞图册，命令将宋王铸造之漳州军饷银圆加齿圈后，改为隆武银圆发行，又辅之以金制隆武元宝和隆武通宝为辅币，建立了当时世界上最完善的货币体制。
另外，隆武帝还重新在云南、缅甸、交趾等边疆毗邻省份设立卫所，重新规划建立卫所屯田制度。隆武十八年，晋王李定国征缅甸得胜，自此缅甸诸宣慰司重新纳入大明治理；宋王亦征交趾、吕宋有功，将吕宋改为布政司，得改封为宋王。
隆武二十一年，皇帝命令晋王、宋王、蜀王各领八万兵北伐出征，在徐州誓师。清军望风即溃。又有清军投降，隆武帝命其改封为“反清复明正蓝旗”，随同大军北伐。隆武二十二年二月，大明克复沈阳、抚顺，捣巢赫图阿拉——明军日月旗插上赫图阿拉城头的同一天正是四十八年前大明总兵杜松全军覆没的日子，时隔几乎半世纪后，明军终于实现了当初的军事目标。吴三桂在变乱中被杀，隆武帝下诏改“吴三桂”为“污三桂”。
隆武二十四年，皇帝驾崩，群臣上庙号为世祖。先帝有四子嗣，晋王领衔宋王、蜀王，于天坛会选皇二子为帝，改元绍武。绍武二年，李定国急病而亡，其子李嗣兴继位。同年蜀王刘文秀死去，其子刘震继位。绍武八年，皇帝死前托孤宋王，命其率三王会选皇子为帝，靖熙帝由是继位。宋王于是又相继推选了乾嘉、景运两任皇帝，至七十六岁时死。后景运帝承位六十二年，大明也度过了最为辉煌的景运盛世。
自隆武帝与宋王、晋王、蜀王约下三王择贤制度后，大明朝已经经历了隆武、绍武、乾嘉三任皇帝。到宋王决定由景运皇帝登ji时，历史已经即将来到18世纪。在欧洲，西班牙王位继承战争一触即发。在亚洲，宋王的海贸帝国已经多次与英国、荷兰、西班牙海商乃至海军发生冲突。
虽然可以说，隆武、绍武两位皇帝在三位带兵亲王的辅佐下重新恢复了大明在嘉万时期在亚洲的格局，